No, tu empleador (patrón) no descuenta, ni debe descontar de tu sueldo las aportaciones del 5% al Infonavit. Esta cantidad es una prestación establecida en la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos en el artículo 123, fracción XII y en la Ley Federal del Trabajo (LFT) artículo 136.
Por otra parte, si tienes un crédito Infonavit, tu patrón tiene la obligación de descontar de tu sueldo el pago mensual de tu crédito, como se estableció en tu contrato de crédito.